2005年12月10日,经国务院批准,洋山保税港区在洋山深水港开港的同时正式启用,是我国第一个保税港区。2009年11月,上海综合保税区成立,洋山保税港区、外高桥保税区和浦东机场综合保税区“三港三区”联动发展。同时,国务院赋予了洋山保税港区探索建设国际航运发展综合试验区的重要使命。2013年8月,国务院正式批准设立中国(上海)自由贸易试验区,规划范围28.78平方公里,包括:洋山保税港区、外高桥保税区、外高桥保税物流园区以及浦东机场综合保税区,其中洋山保税港区封关面积为14.16平方公里,占中国(上海)自由贸易试验区规划面积的49.2%。