福州高新技术产业开发区管理委员会内设5个职能处（室）。
（一） 办公室（挂“党群工作部”牌子）
负责机关工作联系和协调，协助委领导处理机关日常工作；负责机关的会议、文秘、信息、档案、保密、信访、人事等行政事务及党委、群团工作；负责机关后勤保障、固定资产管理及车辆管理工作；负责高新区对外工作联系与交流；组织、协调驻区单位开展各项窗口服务工作；负责高新区企业商务技术人员出国出境政审和协调高新区社会事务等工作。
（二）经济发展处
拟定高新区的总体发展规划和高新技术产业发展规划，并负责实施；拟定高新区年度计划和主要经济指标发展计划；负责高新区内高新技术产品和高新技术企业认定的审核工作；重点扶持高成长性高新技术示范企业；负责组织高新区企业的创优、评优工作；掌握高新区内企业发展动态，协调企业进行深层次改革，定期提交企业综合改革运行情况报告；负责高新区企业管理，监督和指导企业在经济运行中的安全生产和安全保卫工作；建立企业档案，负责高新区经济统计和编制报表工作；指导和协调市软件园及马尾、洪山、仓山、台西等园区工作。
（三） 投资服务处（挂“招商局”牌子）
拟定高新区年度招商计划，进行招商项目可行性论证，建立招商项目库；拟订区内招商引资有关政策；负责招商引资和投资服务工作；负责组织参加各类经济技术贸易展览会、洽谈会、交易会；负责组织对外招商宣传、形象策划与推介，以及招商电子网络系统建设管理维护工作；负责管理、协调投融资工作；协调管理高新区内高新技术产品、科技计划项目、知识产权事务等有关工作；负责高新区内科技及产业合作交流。
（四）建设管理处
拟订高新区总体建设规划；制定高新区的配套服务设施 计划、各类建设方案和初步设计方案；搞好征用后的土地资源规划、管理，实施对土地利用的监督检查；负责对高新区道路、房产物业、绿化美化及各项施工的管理、监督，确保各项建设工程和市政管理协调发展；负责高新区的环境保护工作，制止区内违章、违法建设。
（五）计划财务处（挂“财政局”、“国有资产管理局” 牌子）
拟订高新区财政预算管理、财务会计等规章制定，承办项目计划的综合平衡、汇总，编制实施综合预算、资金计划和审批决算；负责高新区财政收支、筹措、分配与使用资金工作；编制管委会财务预决算报表及分析报告；协调管理高新区各项税收及优惠政策落实；负责高新区国有资产管理的日常工作，监管区内国有资产及国有资产变动，收缴国有资本收益，考核国有资产的保值增值；审核直属公司及下属单位各类报表，监督下属单位核算、经营，承担年度审计工作；管好现金及各项票证，保证安全运作。
根据有关规定设置监察室，与派驻的纪检组合署办公，按照《党章》和《行政监察法》履行职责。
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