1991年，在时任福州市委书记习近平同志的部署推动下，福州高新区成功获批全国首批国家级高新区。福州高新区实行“一区多园”的管理模式，下辖海西高新技术产业园、生物医药和机电产业园以及洪山、仓山、马尾和福州软件园等6个园区，并于2013年7月开始托管闽侯县南屿镇和上街镇5个村，整合后的福州高新区总面积约193.07平方公里（其中规划建设面积约66平方公里）。2016年6月，经国务院批复同意建设国家自主创新示范区。 ——实力稳步提升。相继获评国家(福州)显示器件产业园、国家火炬计划软件产业基地、国家半导体国际创新产业基地、国家级文化和科技融合示范基地、国家863软件专业孵化器福州基地、国家软件与集成电路人才国际培训基地、国家级专家服务基地等荣誉。2015年，福州高新区综合实力排名在全国116家国家高新区中位居第34名。2016年，全区完成工业总产值1190亿元，一般公共预算总收入47.2亿元，出口总额54亿美元。 ——创新效应凸显。全力构建“126”特色创新创业体系，已引入中科院海西研究院、中科数据应用技术研究院、国家知识产权专利审查协作分中心等一批区域创新平台，拥有高新技术企业184家，国家级、省级工程技术中心19个，院士、博士后工作站17个，发明专利1174项，聚集中科院院士10余名，国家级人才198人，建成中国（福州）留学人员创业园等各类孵化器面积逾25万㎡，引进启迪之星、微软云、Google等20多家知名创客空间。

福州高新区产业基地是上街-南屿-南通城市组团的重要组成部分，具有发展高新技术产业得天独厚的区位、地理、自然和人文条件，将规划定位为福州城市副中心与福州生态科学城。该产业基地位于福州中心城的西侧，毗邻旗山脚下，北靠大学城，东临乌龙江，西、南为旗山和五虎山，大樟溪从中穿过。随着洪塘大桥、金山大桥、浦上大桥和湾边大桥等重大交通基础设施陆续建设开通，上街-南屿-南通区域与福州中心城区的联系更加紧密，将成为未来几年内福州中心城区重点开发建设的区域之一。 高新区产业基地北起316、324国道连接线，东至大樟溪，西南至山体，与福州主城区仅“一江之隔”，拥有闽江、乌龙江、大樟溪水运之便利。公路方面，福银高速公路、沈海高速公路、316国道、324国道、101省道穿境而过，交通异常便利。此外，外福铁路、温福铁路都从该区域经过，这里到长乐国际机场也不过35公里，至福州港只有57公里。 该产业基地紧邻福州大学城，周围有福建医大、福建中医学院、福建农林大、闽大和等十几所高校和科研机构，可充分发挥大学城科技、人才优势，推动产学研一体化，为建设研发中心、孵化高新技术项目，实现高新技术成果商品化、产业化、国际化创造有利条件。 同时，产业基地周边自然环境优美，同时区内水系丰富，很适宜打造成“山、江、溪、河、城”相融合的生态型高科技产业基地。 为鼓励和促进高新技术产业在高新区产业基地的积聚，政府陆续出台了诸多优惠政策，入驻高新区产业基地的高新技术企业在土地安排，国家、省级项目资金配套，科技人才购房和子女入学，企业税收减免及补贴，企业引进人才补助等方面将享受一系列政策扶持。市政府还承诺，对产业基地内重大领军项目实行“一事一议”的特别优惠政策。福州高新区管委会拥有市一级的项目审批权限。管委会实行全程跟踪的免费代办制，为入驻企业提供“一站式”的优质便捷服务，并提供相应的金融服务保障、人才及劳务资源保障等。 按照规划，福州高新区产业基地产业区面积约20平方公里，一期用地为10平方公里，起步区先开发5000亩。基地内初步划分为电子产业园、机电产业园、生物医药产业园、软件产业园、软件&工业设计产业园、物流基地等。一期重点建设平板产业基地。 高新区力争打造两岸高新产业合作的平台，进一步密切与台湾新竹、台北内湖科技园区的产业对接与合作，努力建设海峡两岸科技创新和高新产业对接与合作的“先行区”。2009年1月，签订了福州高新区和台北内湖科技园区交流合作协议。 2014年3月5日，国务院向福建省人民政府印发《关于同意福州市科技园区更名为福州高新技术产业开发区的批复》（国函〔2014〕31号）。《批复》内容为：你省《关于恳请将福州市科技园区更名为福州高新技术产业开发区的请示》（闽政文〔2013〕233号）收悉。现批复如下：同意福州市科技园区更名为福州高新技术产业开发区。